Istotnym wymiarem formowania kandydatów do kapłaństwa jest formacja duchowa.
Dokument „Droga formacji prezbiterów w Polsce. Ratio institutionis sacerdotalis pro Polonia” zwraca uwagę na ważny aspekt:
Zasadnicza idea [formacji] polega na tym, by […] formować uczniów misjonarzy, «zakochanych» w Nauczycielu, pasterzy «o zapachu owiec», którzy żyją pośród nich, aby im służyć i nieść im Boże miłosierdzie.
W tym duchu sprawę ujmuje także statut naszej uczelni: „Formację duchową naznaczoną osobistą więzią z Chrystusem cechuje miłość pasterska, postawa służby i radykalizm ewangeliczny. Jej istotne elementy stanowią: praktyka czytania i rozważania Słowa Bożego, modlitwa indywidualna i wspólnotowa, życie sakramentalne, którego centrum jest Eucharystia, kierownictwo duchowe, dni skupienia i rekolekcje”. Aby zaś móc lepiej przeżywać swą duchowość, mamy swoją kaplicę seminaryjną z Jezusem stale obecnym w Najświętszym Sakramencie.
Wielu powołanych odkrywa swe powołanie na modlitwie, pójście drogą powołania jest pójściem drogą głębokiego życia modlitwy. Posługa kapłańska domaga się, by idący drogą powołania kapłańskiego, nie upodobniali się do świata. Równocześnie jednak wymaga, aby na tym świecie żyli i prowadzili do świętości siebie i Lud Boży im powierzony.
W naszym seminarium, formacji służą regularne, comiesięczne dni skupienia. Raz w tygodniu ojciec duchowny wygłasza konferencje poświęcone problemom życia wiary. Raz na dwa tygodnie odbywają się spotkania formacyjne poszczególnych roczników, podczas których poruszane są treści dotyczące poszczególnych etapów formacji. W każdą Niedzielę w małych grupach odbywają się spotkania biblijne (dzielenie ewangelią), poświęcone niedzielnej Liturgii Słowa.
W seminarium nie powinno zabraknąć sakramentu pokuty i pojednania. Alumni mogą z niego korzystać w każdej chwili. Jednakże, okres dwóch tygodni to okres, po którym powinno się znów klęknąć u kratek konfesjonału. W związku z tym co tydzień w piątek, od 20:00 jest możliwość spowiedzi u naszych stałych spowiedników.
Wreszcie formacji służą rekolekcje: przed rozpoczęciem nowego roku akademickiego oraz doroczne rekolekcje wielkopostne.
Istnieje również możliwość skorzystania z biblioteki ascetycznej, w której znajdują się pozycje poświęcone życiu duchowemu. Ponadto każdy alumn może korzystać z rozmowy z ojcem duchownym, którego zadaniem jest towarzyszenie na drodze odkrywania powołania i pogłębiania życia chrześcijańskiego.
Praktyki duchowe alumnów
Modlitwa to dar, którego trzeba się uczyć. Kapłani są przede wszystkim ludźmi modlitwy, błogosławią Boga w każdym czasie, Jego chwała jest zawsze na ich ustach. Kształtuje się ona w codziennym życiu, w pracy dla ludzi, będącej owocem jedności z Bogiem. Kto się prawdziwie nauczył modlitwy, będzie należycie wypełniał swoje obowiązki względem braci i sióstr, do których zostanie posłany, a także realizował swoje powołanie do świętości.
Msza święta - Szczególne miejsce w rozwoju życia chrześcijańskiego zajmuje Eucharystia. Jest Ona źródłem i szczytem każdego dnia, to najdoskonalsza modlitwa, do której wszystko się odnosi i której wszystko wypływa, do której sprawowania powołany się przygotowuje.
Liturgia Godzin - Modlitwa chrześcijańska jest przede wszystkim modlitwą całej społeczności ludzkiej, którą Chrystus łączy ze sobą. Liturgią Godzin modlimy się we wspólnocie, gdyż jest to modlitwa Kościoła, ma ona szczególną wartość, bo przecież Jezus powiedział: „Gdzie dwaj lub trzej zebrani są w Imię Moje, tam jestem pośród nich”. Ta modlitwa jednoczy nas alumnów z całym Kościołem, który „trwa jednomyślnie na modlitwie”.
Poranne Rozmyślanie - Jest to słuchanie Boga w Jego Słowie, słuchanie tego, co Bóg pragnie mi w tej chwili powiedzieć. To spotkanie z żywym Słowem, które ma przemieniać życie powołanego do kapłaństwa, to spotkanie, które jednocześnie uzdalnia do wprowadzenia w czyn Słowa, które mamy głosić.
Lektura Duchowa - Alumni mają poszukiwać i znajdować Jezusa w czytaniu Słowa Bożego. Kandydat do kapłaństwa jest wezwany do pielęgnowania wrażliwości, miłości i otwarcia wobec żywej tradycji Kościoła i jego Urzędu Nauczycielskiego. Codzienna lektura duchowa sprzyja rozwojowi duchowemu przyszłych księży.
Adoracja i nawiedzenie - Bóg czeka, abym na Jego pytanie o miłość, odpowiedział: „tak Panie Ty wiesz, że Cię kocham”. W adoracji ucieleśnia się dialog człowieka z Bogiem, wszak osoby, które się kochają chcą ze sobą być i rozmawiać. Adoracja umożliwia wewnętrzną ciszę, dzięki której mogę słyszeć Jego głos. Trwając przed Bogiem zatrzymuję się nad sobą, nad moim życiem i moją wiarą otwierając się na Odwieczną Prawdę, poznaję prawdę o sobie. W seminarium, każdego dnia, jest możliwość takiej rozmowy od modlitw wieczornych aż do 21:00.
Różaniec - W powołaniu do kapłaństwa obecna jest modlitwa maryjna. Matka Boża jest przecież Wychowawczynią Powołań Kapłańskich. Ona jest wzorem wiary i ufności, jest tą, „która uwierzyła, że spełnią się słowa” powiedziane Jej od Pana. Jako wspólnota modlimy się tą formą modlitwy w każdy poniedziałek oraz każdego dnia w indywidualnej modlitwie.
Modlitwy za wstawiennictwem św. Jerzego i NMP - św. Jerzy, męczennik jest patronem naszego seminarium, dlatego w każdy wtorek modlimy się w intencjach Kościoła powszechnego i lokalnego za przyczyną tego świętego. W każdą sobotę natomiast polecamy nasze intencje Panu Bogu przez wstawiennictwo naszej najlepszej Matki Maryi.
Koronka do Miłosierdzia Bożego - Pan Jezus powiedział do siostry Faustyny: „Odmawiaj nieustannie koronkę. Ktokolwiek będzie ją odmawiał, dostąpi wielkiego miłosierdzia w godzinę śmierci. Pragnę, aby poznał cały świat miłosierdzie moje”. Chętni, każdego dnia o godzinie 15.00, gromadzą się w kaplicy, aby wypraszać miłosierdzie Boże dla siebie i dla innych.
Anioł Pański - W południe każdego dnia wspólnota seminaryjna spotyka się w kaplicy, aby wspólnie uczestniczyć w szczegółowym rachunku sumienia oraz modlitwie Anioł Paski odmawianej szczególnie w intencji zmarłych. Tajemnica Wcielenia, dokonująca się w osobie Maryi, jest dla powołanych odzwierciedleniem tajemnicy Bożego wezwania i treścią życia kapłańskiego.
Droga Krzyżowa i Gorzkie żale - Uczestniczenie w nabożeństwach pasyjnych Drogi Krzyżowej i Gorzkich Żali staje się formą przeżywania przez alumnów także pasyjnego wymiaru ich przyszłej posługi pasterskiej, która na mocy ścisłego związku z osobą Chrystusa, niesie ze sobą również różne formy krzyża.
Duchowa Adopcja - Podczas uroczystości Niepokalanego Poczęcia NMP alumni mogą przystąpić do Duchowej Adopcji Dziecka Poczętego. Przez dziewięć miesięcy zobowiązujemy się odmawiać każdego dnia dziesiątkę różańca, modlitwę przypisaną temu dziełu oraz podejmować jakiś dodatkowe praktyki duchowe.
Modlitwa z Kościołem Diecezjalnym - Alumni aktywnie uczestniczą w wielu nabożeństwach poza seminaryjnych, szczególnie w liturgii katedralnej, która ukazuje szczególny związek przyszłych kapłanów z Chrystusem, z Biskupem Diecezjalnym, prezbiterium i całym Ludem Bożym. W każdą niedzielę w ciągu roku akademickiego nasza społeczność seminaryjna uczestniczy w Liturgii Mszy Świętej w poszczególnych wspólnotach parafialnych naszej diecezji.
Nowenna przed Uroczystością Niepokalanego Poczęcia NMP - W naszej wspólnocie seminaryjnej istnieje Rycerstwo Niepokalanej, którego celem jest modlitwa o nawrócenie grzeszników i tych, którzy jeszcze nie poznali Chrystusa oraz uświęcenie wszystkich pod opieką i za pośrednictwem Niepokalanej. Przez dziewięć dni przed Uroczystością Niepokalanego Poczęcia NMP, modlimy się w kaplicy seminaryjnej, odmawiając Litanię Loretańską, czy też dziesiątkę różańca i śpiewając pieśni Maryjne.
Nabożeństwa Majowe i Październikowe - Pogłębiona pobożność maryjna zawsze prowadzi do wzmocnienia więzi z Chrystusem. Stąd też nabożeństwa majowe i październikowe oraz nieustająca nowenna tworzą w życiu duchowym wspólnoty seminaryjnej możliwość naśladowania życia Maryi i przeżywania w Jej osobie pełnej miłości do Boga Ojca, Syna i Ducha Świętego, a w konsekwencji także do wszystkich ludzi.
Silentium - Pełne otwarcie się na Boga nie mogłoby mieć miejsca bez praktyki codziennego milczenia zwanego Silentium Sacrum, które jest warunkiem skutecznego słuchania słowa Bożego oraz odpowiadania na nie w różnych formach modlitwy. Święte milczenie praktykowane od wieczornych modlitw po poranną Eucharystię i przez cały czas trwania rekolekcji oraz dni skupienia wprowadza alumnów w niezwykłą, duchową atmosferę doświadczenia obecności Boga i przyjmowania postawy ustawicznej Jego adoracji.