Seminarium jako instytucja przygotowująca studentów do kapłaństwa troszczy się o rozwój ich osobowości na czterech jej płaszczyznach. Formacja intelektualna przyczynia się do nabywania sprawności umysłowej oraz do kształcenia racjonalnej postawy względem prawdy naukowej dotyczącej kwestii teologicznych. Interdyscyplinarny charakter procesu nauczania pozwala na właściwe kształcenie predyspozycji intelektualnych kandydatów do kapłaństwa, od których zależy przyszłość nowej ewangelizacji w Trzecim Tysiącleciu. Kapłan jako nauczyciel wiary, zgodnie z zawołaniem św. Anzelma „fides quaerens intellectum” (wiara szukająca zrozumienia), winien starać się o wszechstronne jej zrozumienie. Kształcenie intelektualne uwarunkowane jest koncepcją funkcjonowania uczelni wyższej, która kształci naukowo i wychowuje do twórczego myślenia naukowego. Współczesne uwarunkowania życia, w których kapłan spełnia swoją posługę, takie jak: zjawisko pluralizmu i relatywizmu, obojętność religijna, współczesne odkrycia naukowe i techniczne zwielokrotniają potrzebę nabywania sprawności intelektualnej, uwzględniającej precyzyjne stanowisko Magisterium Kościoła.

Seminarium w Białymstoku jako uczelnia wyższa o profilu filozoficzno-teologicznym funkcjonuje w oparciu o „Ratio Institutionis Sacerdotalis pro Polonia” z 1999 r. i jest afiliowane do Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego od roku 2000, zatem, studenci roczników teologicznych na mocy umowy o współpracy naukowo-dydaktycznej z powyższą Uczelnią zostali włączeni w grono studentów tegoż Uniwersytetu. Studia odbywają się w systemie dziennym i podzielone są na trzy etapy: okres propedeutyczny, roczniki I-II są rocznikami filozoficznymi, roczniki III-VI - to roczniki teologiczne.

Etap propedeutyczny

„Zgodnie z Ratio fundamentalis droga formacji podstawowej obejmuje cztery etapy: etap propedeutyczny, etap stawania się uczniem Jezusa, etap upodabniania się do Chrystusa i etap pastoralny” (Ratio institutionis sacerdotalis pro Polonia, 251).

„Etap propedeutyczny (…) stanowi integralną część formacji do prezbiteratu. Z instytucjonalnego punktu widzenia etap propedeutyczny to jednostka organizacyjna wyższego seminarium duchownego o specyficznej tożsamości i drodze formacyjnej. Etap ten odbywa się w odrębnej wspólnocie, w innym niż seminarium miejscu, pod stałą opieką prefekta etapu propedeutycznego i rektora seminarium. Realizuje studium pozaakademickie zgodnie z krajowym Ratio studiorum. Wspólny dla wszystkich kandydatów do seminarium program etapu propedeutycznego powinien trwać rok, ale indywidualnie może być przedłużony, na ile wymaga tego dojrzewanie danego wychowanka” (Ratio institutionis sacerdotalis pro Polonia, 254).

„Etap propedeutyczny przygotowuje do kolejnych okresów formacji podstawowej oraz do studiów filozoficznych i teologicznych. Głównymi celami tego etapu są «położenie solidnych podwalin pod życie duchowe» wychowanków oraz ich systematyczna i pogłębiona formacji ludzka” (Ratio institutionis sacerdotalis pro Polonia, 258).

Program studiów obejmuje różne zajęcia dydaktyczne: wykłady, ćwiczenia, egzaminy, kolokwia, zaliczenia, seminaria i koła naukowe, sympozja i kongresy, a przede wszystkim studium indywidualne. Profesorowie odpowiedzialni za sprawność naukową kleryków służą im swoją bezpośrednią, fachową pomocą kształcąc w nich dyspozycyjność intelektualną poprzez ćwiczenia i seminaria naukowe. Studia kończą się uzyskaniem absolutorium i stopnia magistra w dziedzinie teologii.